For inntil 20 år siden var behandlingen av kreft i analkanalen å fjerne svulsten ved operasjon. Analkreft er imidlertid en stråleømfintlig krefttype. Ved strålebehandling bevares lukkemuskelen, og kolostomi kan unngås hos cirka 80 % av pasientene. Strålebehandling, med eller uten cellegift, har vist bedre overlevelsesresultater og erstattet derfor kirurgi i primærbehandlingen på 80-tallet.
Strålebehandling, kombinert med cellegift, er første behandlingsvalg og gir bedre respons enn strålebehandling alene. Behandlingen gis også som lindrende behandling til pasienter med utbredt sykdom.
Kirurgi i primærbehandling gjøres sjelden. Men ved små svulster ved analåpningen, som kan fjernes uten at man skader lukkemuskulaturen, er førstevalget operasjon.
Større kirurgi er aktuelt dersom det etter stråle- og cellegiftbehandling, er stor restsvulst, eller at restsvulsten ikke blir borte etter to til tre måneders observasjonstid. Fjerning av endetarmen er da oftest nødvendig og kan helbrede sykdommen. Denne operasjonen kan også være helbredende behandling ved lokale tilbakefall.
Fjernspredning behandles med cellegift, eventuelt med etterfølgende operasjon.
Første behandlingsvalg ved kjempekondylom er kirurgi. Strålebehandling kombinert med cellegift kan være aktuelt i avanserte tilfeller.