Donor
Helst ønsker man å bruke familiedonor, og for tiden kan familiegiver med inntil ett HLA (human leukocyte antigen)-uforlik brukes.
Dersom pasienten ikke har familiegiver, vil man i enkelttilfeller vurdere om ubeslektet giver med HLA-, A-, B-, C-, DR- og DQ-identitet kan brukes. Ubeslektede givere vil til tross for likhet ved serologiske teknikker likevel kunne ha små forskjeller i sine HLA-molekyler som er av betydning for GVHD og forkastelsesreaksjoner, og det gjøres derfor genomisk typing.
Stamcellehøsting
Hematopoetiske stamceller kan skaffes til veie ved å suge ut benmarg fra giverens hoftekam eller ved å "mobilisere" hematopoietiske stamceller fra benmarg til blod. Mobiliseringen gjøres ved hjelp av hematopoietiske vekstfaktorer, oftest granulocytt-kolonistimulerende faktor (G-CSF) gitt subkutant. Vekstfaktorene påvirker antagelig adhesjonsmolekyler på stamcellene og benmargsstroma slik at stamcellene løsner og kommer ut i blodsirkulasjonen. På grunn av denne teknikken har det blitt vanlig å snakke om stamcelletransplantasjon i stedet for benmargstransplantasjon, fordi det henspeiler begge måtene å høste stamceller på.
Høsting av benmarg
Ved bruk av stamceller fra benmarg får den vestypeforlikelige donor som hovedregel full narkose og legges i bukleie. Benmarg aspireres ved gjentatte punksjoner av hoftekammen. Inngrepet varer totalt i 1 time i gjennomsnitt. Den aspirerte benmargen med stamcellene overføres til blodposer tilsatt heparin. Man forsøker å overføre 2 x 108 kjerneholdige celler fra donor per/kg/kroppsvekt av mottakeren. Ved allogen stamcelletransplantasjon med redusert kondisjonering brukes denne høstemetoden bare unntaksvis.
Høsting fra blod 
Ved høsting av stamceller fra blod trenger ikke giveren narkose, men prosedyren kan være relativt tidkrevende. Stamcellene høstes fra perifer vene ved hjelp av leukaferesemaskiner. I sjeldne tilfeller må sentralt venekateter benyttes.
Hver leukaferese tar mange timer. Det er nødvendig med 1–3 leukafereser. Måltall for CD34 positive celler er over 4 x 106 positive celler/kg/mottakers vekt, og man unngår å gi mer enn 7 x 106 positive celler fordi det er preliminære data som tyder på at dette øker risikoen for alvorlig kronisk GVHD.
Det er gode holdepunkter for at bruk av stamceller fra blod kan gi raskere hematopoietisk rekonstitusjon enn stamceller fra benmarg.